Cell2Sentence 项目使用教程

1. 项目目录结构及介绍

Cell2Sentence（C2S）项目是一个用于将大型语言模型直接适配到单细胞生物学的框架。以下是项目的目录结构及其介绍：

• cell2sentence/: 项目根目录。
  • docs/: 包含项目的文档文件。
  • src/: 包含项目的源代码。
  • tutorials/: 包含使用C2S模型的常见工作流程的教程笔记本。
  • .gitignore: 指定Git应该忽略的文件和目录。
  • LICENSE: 项目许可证文件。
  • Makefile: 构建和安装项目的Makefile文件。
  • README.md: 项目说明文件。
  • pylintrc: Python代码风格配置文件。
  • pyproject.toml: Python项目配置文件。
  • setup.cfg: 包含项目安装配置的文件。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动主要是通过终端命令来进行的，以下是一些基本的启动命令：

• 克隆仓库：git clone https://github.com/vandijklab/cell2sentence.git
• 创建Anaconda环境：conda create -n cell2sentence python=3.8
• 激活环境：conda activate cell2sentence
• 安装项目依赖：make install 或者使用 pip install cell2sentence
• 如果需要加速推理，可以可选安装 flash-attention：pip install flash-attn --no-build-isolation

3. 项目的配置文件介绍

项目的配置主要通过以下文件进行：

• setup.cfg: 这个文件包含了项目的安装配置，例如依赖关系等。
• pyproject.toml: 这个文件提供了项目的元数据和构建系统配置。
• Makefile: 这个文件包含了构建项目所需的命令和规则。

项目的具体配置可能还需要根据实际使用场景进行调整，例如在使用教程中，根据不同的数据集和任务，可能需要修改模型的配置参数。

在使用C2S模型时，可以通过教程笔记本中的示例来学习如何进行数据预处理、模型训练、细胞类型预测和细胞生成等任务。每个教程笔记本都有详细的说明，可以帮助用户更好地理解和应用C2S模型。