CAFE常用语进行基因家族扩张收缩分析，之前对结果可视化，都需要我自己调用R/ggtree。最近发现了一个工具，可以帮我偷懒，工具名字是 cafeplotter ，他是一个python库。

pip install cafeplotter

对CAFE5结果进行可视化，我们假设输入文件夹是 cafe5_out（CAFE5运行结果）,输出目录是plot

cafeplotter -i ./cafe5_out -o ./plot --ignore_branch_length

输出结果分为两部分，一个是整体变化

在这里插入图片描述
一个是具体的基因家族的数目变化
在这里插入图片描述

参数说明

下面逐项说明 CafePlotter 常用参数的作用，以及在什么情况下需要调整

General Options（通用选项）

参数 解释 典型用法/注意点
-i / --indir 必需。指定 CAFE5 运行结束后生成的结果目录（里面应包含 *.cafe, *.tree, *.txt 等文件）。 e.g. -i ./cafe5_output
-o / --outdir 输出图片所在目录；不存在时会自动创建。若不指定则默认写到当前工作目录下的 ./CafePlotter_out/。 建议显式指定以便管理：-o ./figures
--format 输出图片格式，支持 png (默认)、jpg、svg、pdf。 准备排版到论文/幻灯片时可选 pdf 或 svg 矢量格式；发群聊预览就用 png。
-v / --version 打印当前 CafePlotter 版本号后退出。 排查兼容性问题时查看版本。
-h / --help 显示帮助信息后退出。 快速查看参数说明。

Figure Appearance Options（图形外观选项）

参数 解释 何时需要调整
--fig_height 每个叶节点在垂直方向占用的高度（单位：英寸）。默认 0.5 英寸。树包含越多物种，整体高度 = 0.5 × 叶节点数。 树很长时可以减小到 0.4 或 0.3；节点很少但想让文字更清晰，则增大。
--fig_width 整张图的宽度（英寸）。默认 8.0。 若叶名很长或想放两列子图时可调大或调小。
--leaf_label_size 叶节点（物种名）字体大小，默认 12 pt。 需要在 A4 幅面查看就保持 12；若打成海报可调到 14 甚至 16。
--count_label_size 基因拷贝数标注字体大小，默认 8 pt。 拷贝数标签多且密集时可减小；若密度不高则可调到 10。
--innode_label_size 内部节点拷贝数字体大小，默认 0（=不显示）。 若想展示祖先节点拷贝数，可设 6–8；不关心可保持 0 隐藏。
--p_label_size 分支 p‑value（显著性）字体大小，默认 0（=不显示）。 做简报强调显著分支时设 6 或 8，并配合 --p_cutoff （若脚本支持）过滤；否则保持 0 减少干扰。
--ignore_branch_length 取消按实际分支长度绘图，设为 ON 后各分支长度均相同。默认 OFF。 当树分支长短差异极大导致叶节点挤在一起时可打开。
--expansion_color 家族扩张（copy number ↑）的标记颜色，默认 red。 需要与实验组颜色匹配或印刷需求时可改如 #E64B35。
--contraction_color 家族收缩（copy number ↓）的标记颜色，默认 blue。 同上；与扩张色形成对比即可。
--dpi 输出位图分辨率，默认 300 dpi。 排版印刷 ≥ 300 dpi；网页预览 150–200 dpi 足够。
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